インボイス制度への対応｜2026年の経過措置と事業者の確認事項

インボイス制度への対応では、自社の登録・消費税の計算方法と、取引先から受け取る書類の保存を分けて確認します。制度は2023年10月に始まっています。2026年10月からは、免税事業者等からの仕入れに関する経過措置の控除割合も変わりました。

この記事では、2026年10月時点の実務で確認したい事項と、その後に適用される措置を整理します。

制度・根拠確認日：2026年10月6日。国内事業者の一般的な消費税実務を対象とします。

まず「売り手としての対応」と「買い手としての対応」を分ける

インボイスは、売り手の登録番号、税率ごとの金額・消費税額等を伝える書類です。一般課税で仕入税額控除を受ける場合は、原則として必要事項を記載した帳簿とインボイス等を保存します。ただし、経過措置や帳簿のみで認められる取引もあるため、「インボイスがなければすべて控除不可」とは判断しません。

売上高だけで課税事業者・免税事業者を決めない

基準期間の課税売上高が1,000万円以下である場合は原則として免税ですが、特定期間の判定、新設法人に関する取扱い、自ら課税を選択した場合などの例外があります。インボイス発行事業者として登録している期間は、基準期間の売上高だけを理由に免税にはなりません。

個人事業者の基準期間は原則として前々年、法人は原則として前々事業年度です。「今年の売上が1,000万円以下だから申告不要」と決めず、対象期間と登録状況を確認してください。

登録する場合に確認したいこと

インボイスを発行するには、税務署長の登録を受ける必要があります。登録を受けた事業者には、原則として取引先の課税事業者から求められた場合の交付や、交付した写しの保存などの義務があります。

• 取引先が求める書類と、自社の登録状況が合っているか。
• 登録を希望する日と申請時期が、現在の手続要件を満たすか。
• 請求書の様式、税率・端数処理、訂正時の運用を整理しているか。
• 登録後の消費税申告、記帳・保存の作業を誰が行うか。

課税事業者であっても、登録に伴う事務作業はあります。免税事業者が登録する場合は、納税額だけでなく取引条件や継続する義務を含めて検討します。登録取消しや課税選択の撤回も、希望する日から直ちに免税へ戻れるとは限らないため、手続と継続適用の条件を確認します。

免税事業者等からの仕入れ：2026年10月から70％控除

インボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れには、必要な書類・帳簿等を保存することを条件に、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置があります。2026年度改正後の割合は次のとおりです。

旧予定の「2026年10月から50％」のまま会計処理しないようにしてください。税区分の設定と適用日を確認します。また、一の免税事業者等からの対象仕入れの税込合計額が年又は事業年度で一定額を超える場合、超えた部分は適用対象外です。この上限は2026年10月1日以後に開始する課税期間から1億円となり、それより前の対象課税期間の10億円とは適用時期が異なります。

経過措置では、区分記載請求書等と同様の記載事項を満たす書類と、経過措置の対象である旨などを記載した帳簿の保存を確認します。少額特例や公共交通機関などの帳簿のみの特例は、別の要件に基づく扱いです。

自社の納付税額：一般課税・簡易課税・2割特例を区別

2割特例の対象は、2023年10月1日から2026年9月30日までの日を含む課税期間です。2026年9月30日で全事業者の適用が一律に終わるわけではなく、例えば個人の2026年分や3月決算法人の2027年3月期も、条件を満たせば対象になります。基準期間の売上高や資産取得等による適用除外を確認します。

2027年・2028年の個人事業者には3割特例

一定の個人事業者には、2027年分・2028年分の納付税額を売上税額の3割とする特例が設けられています。法人は対象外です。登録の有無、基準期間の課税売上高、登録以外の理由で課税となる場合等の適用条件を確認します。

この「納付税額の3割特例」と、買い手側の「仕入税額の7・5・3割控除」は別の制度です。2割・3割特例から簡易課税へ移る場合の届出時期にも特例があるため、対象課税期間を指定して確認してください。

計算例で確認する仕入税額控除

説明用の例として、税込11,000円（税相当額1,000円）で仕入れ、税込22,000円（税相当額2,000円）で販売した場合を考えます。一般課税で仕入税額1,000円の全額を控除できる前提なら、消費税等の計算イメージは2,000円－1,000円＝1,000円です。1,000円を売上税額から差し引くことが仕入税額控除に当たります。

同じ取引価格の免税事業者と比べる単純な例では、この納付額1,000円が納付後の資金残高の差になります。ただし、登録や取引価格の変更、実際の経費、計算方法が異なるため、その差がどの事業者にもそのまま利益として生じるわけではありません。実際の申告は税率区分、控除制限、計算方法等を反映します。

経理担当者の確認手順

1. 自社の課税・免税、登録日、対象課税期間、税額計算方法を確認する。
2. 売上請求書と受領書類の様式・保存場所を確認する。
3. 取引先と取引内容ごとに、通常の控除、経過措置、例外を区分する。
4. 2026年10月の変更を会計ソフトの税区分と社内手順へ反映する。
5. 申告前に、特例の適用条件と届出期限を確認する。

電子で受け取った請求書等は、消費税の要件に加えて電子取引データの保存も確認します。電子帳簿保存法への対応と保存方法もご覧ください。

九段パートナーズ会計事務所へのご相談は、お問い合わせページから、事業の概要と確認したい事項をお知らせください。対応可否と依頼範囲を確認してご案内します。個別の申告内容や機密資料は初回フォームに送らないでください。

根拠資料

• 国税庁 No.6498 インボイス制度
• 国税庁 No.6501 納税義務の免除
• 国税庁 No.6497 仕入税額控除のために保存する帳簿・請求書等
• 国税庁 令和8年度税制改正特集
• 国税庁 2割特例の案内

登録や計算方法の選択は、取引内容、売上規模、資産取得、対象期間等により異なります。この記事だけで有利不利や適用可否を確定せず、個別条件を確認してください。